TV2003重制版，是為慶祝EVA企業十周年而重置的版本，畫面和音效都有提升。在TV95版的基礎上重制了21-24四話重制的部分稱作“Video”。加上原有的26集，03版共26話，一共30集。這個版本中21與22，23與24，25與26，27與28都是相同的內容。只不過21，23，25，27和原來一樣，而22，24，26，28中增添了一些新的東西。
突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗后，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。
不斷襲來的使徒，身份不明的綾波麗，從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾，14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲色地觀察一切，一個稱為“人類補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實現。
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